Depois de sofrer um pouco, descobri uma coisa que não estava documentada em lugar nenhum. Ao tentar atualizar o kernel da mini2440, as novas versões não iniciam após o “uncompressing linux”. Depois de verificar várias coisas, descobri que para as novas versões é preciso configurar o boot do supervivi com
MACH_TYPE=1999
enquanto antes era:
supervivi MACH_TYPE=782